Cuando toca toca, pero que raro!
La única cosa que se me ocurre es que hayan tenido penetración sin condón en algún momento. El condón deben ponerlo al principio antes de penetrar, sino no está completa la protección.
Igualmente te diría que vayas al ginecólogo, le cuentes bien como pasó todo, y que te mande a repetir la de sangre y que sea cuantitativa para estimar el tiempo de embarazo, y luego sí una ecografía en unas semanas.