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Es la tercera vez que tengo relaciones con mi novio, y esta última vez no pudimos continuar porque le empezó a doler él pene y decía que sentía como una herida, me comentó que la vez anterior (hace 20 días) también le dolió después de estar conmigo,esa vez fue algo intenso, era la segunda vez que estaba con él y con el perdi mi virginidad, estoy preocupada y no se que será. Además yo he tenido un flujo amarillo y con un olor como a medicina.

Por lo que escribes creo que si puedes tener hongos. No tiene por que ser de transmisión sexual, tu propio cuerpo puede producir la infección. Te aconsejo que vayas al ginecólogo cuanto antes. Tambien tu pareja debería revisarse, y hacerlo hasta entonces siempre con preservativo.
Un saludo

Tengo la misma duda... el flujo amarillo es infeccion?

Acude a un ginecólogo, es muy probable que tengas una infección. El flujo amarillo, abundante y con mal olor, puede ser indicativo de trichomonas vaginalis (tricomoniasis), y es una enfermedad de transmisión sexual. De todos modos desde aquí es imposible hacer un diagnóstico, deberías de acudir a un ginecólogo.